Существуют две главных различных версии игры, отличающиеся уровнями, сюжетными поворотами и дизайном Tom Clancy’s Splinter Cell: Двойной Агент, которые были выпущены Ubisoft для шестого и седьмого поколения консолей:
Мобильная версия была разработана студией Gameloft и вышла в приложениях на мобильных телефонах Java ME.
Обе версии обладают общими локациями и сюжетом, но имеют разные сюжетные линии, сюжетные повороты и уровни. Даже миссии, которые появляются в аналогичных местах мира, имеют совершенно разные конструкции уровней. Обе версии игры используют одну и ту же фоновую музыку с несколькими видеороликами. Фишер получает задания и от террористов и от АНБ, благодаря чему игроку приходится вставать перед серьёзными решениями: идти на компромисс, стараясь угодить обоим. Нелинейная сюжетная линия, которая меняется в зависимости от выполненных игроком заданий, три разных концовки. Версии игры на Xbox 360/PC/PS3 имеют обновлённый игровой движок, поддерживающий все известные технологии улучшения изображения, в то время как версии для Xbox/PS2/GameCube/Wii используют стандартный движок, использовавшийся в других сериях Splinter Cell.