La historia de Splinter Cell: Double Agent se desarrolla a lo largo de varias misiones principales:
11 misiones en la versión 1 (para PC, PlayStation 3, Xbox 360);
9 misiones en la versión 2 (para Nintendo GameCube, PlayStation 2, Xbox y Wii).
La historia gira en torno al rol de Sam Fisher como agente doble de Third Echelon (NSA) trabajando infiltrado en el Ejército de John Brown, un grupo terrorista. A pesar de que en ambas versiones del juego la historia trata sobre lo mismo, hay numerosas diferencias en el desarrollo de las misiones y en algunos eventos.