La historia de Tom Clancy's Splinter Cell se desarrolla a lo largo de 10 misiones principales (11 en PlayStation 2) en las que el agente de Third EchelonSam Fisher es enviado a alguna zona para infiltrarse y cumplir una serie de objetivos.
Además de las misiones principales también hay tres misiones extra como parte de una edición especial del juego para PC y Xbox.